زمینه و هدف: پنیر سنتی بنا به دلایل فرهنگی، طعم و بوی مطبوع و نیز ارزش تغذیه‌ای بالا به عنوان یک منبع پروتئینی جایگاه ویژه‌ای را در رژیم غذائی مردم کشور داراست. با این وجود آلودگی آن به میکروارگانیسم‌های پاتوژن می‌تواند سلامت انسان را به خطر انداخته و موجب ضررهای اقتصادی قابل توجهی گردد. هدف از این مطالعه اندازه‌گیری و شناسائی آلودگی میکروبی پنیرهای سنتی عرضه شده در سطح استان مرکزی بود. روش بررسی: استان مرکزی به 10 خوشه (براساس تعداد شهرستان) تقسیم و سپس در هر خوشه براساس میزان تراکم عرضه پنیر سنتی تعداد 8 نمونه از مراکز عرضه این محصول در تابستان سال 1390 گرفته شد. نمونه‌ها تحت شرایط استریل به آزمایشگاه انتقال داده شده و تحت آزمایشات میکروبیولوژی قرار گرفتند. یافته‌ها: نتایج آزمون آماری نشان داد تمامی نمونه‌ها بیش از حد استاندارد ایران، به کلی فرم، استافیلوکوکوس ارئوس، کپک و مخمر آلوده هستند  P<0/001). 34 ) درصد نمونه‌ها از نظر اشرشیاکلی دارای آلودگی بودند همچنین در 24 درصد نمونه ها آلودگی به استافیلوکوکوس ارئوس کواگولاز مثبت مشاهده شد. درصد آلودگی نمونه ها به سالمونلا نیز 8/75 درصد بود. نتیجه‌گیری: این نتایج بیانگر وضعیت نامطلوب پنیرهای سنتی استان مرکزی از نظر آلودگی میکروبی بوده است.