زمینه و هدف: استفاده از فاضلاب در بخش کشاورزی در مناطق خشک و نیمه خشک که با کمبود آب روبرو هستند مهم است. هر چند که کاربرد فاضلاب در کشاورزی بسته به خصوصیات آن می‌تواند مفید یا زیان‌آور باشد. بنابراین هدف این مقاله بررسی کیفیت باکتریایی خاک و محصول تحت آبیاری با فاضلاب تصفیه شده بود. روش بررسی: برای بررسی میکروبی در این تحقیق، طرح آماری بلوک‌های کامل تصادفی با 2 تیمار شامل آبیاری با آب چاه با کود (W1) و آبیاری با پساب (W2) و در 3 تکرار برای کشت ذرت علوفه‌ای در مزرعه تصفیه‌خانه فاضلاب شهری شهرکرد به مدت 3 ماه در تابستان 1390 اجرا گردید. یافته‌ها: در انتهای فصل رشد برای بررسی کیفیت باکتریولوژیکی، نمونه‌های خاک از عمق 5-0 و 15-5 سانتی‌متری خاک و نمونه‌های گیاهی شامل برگ قدیمی، برگ جدید و دانه گیاه جمع‌آوری شدند. تعداد باکتری‌های لاکتوز مثبت، کلی‌فرم کل و مدفوعی خاک تحت تیمار فاضلاب، در عمق 5-0 سانتی‌متری نسبت به عمق 15-5 سانتی‌متری حدود 42% بیشتر بودند. در برگ قدیمی تعداد کلی‌فرم کل 88MPN/ 100 mL  و کلی‌فرم مدفوعی 40MPN/ 100mL و در برگ جدید تعداد کلی‌فرم کل 38MPN/ 100mL و کلی‌فرم مدفوعی 2MPN/ 100mL شمارش گردید. نتیجه‌گیری: بطور کلی نتایج نشان داد که با گذشت زمان روزانه تعداد باکتری‌های شاخص آلودگی در خاک به مقدار 35% کاهش می یابد.